1.對土地造成的污染難以修復
由于既往中小企業的經濟發展模式，導致很多企業僅重視經濟利益的實現，而忽視環境保護問題，在生產過程中存在污染物偷排偷放的問題，很多企業都將未經過處理的廢水排放到自然環境中，特別對于重污染企業而言，對土地資源造成的污染難以修復。很多地方為實現財政收入目標，完成招商引資的目標，制定出了給企業無償使用土地的政策，而這種扶持政策則會使中小企業忽視土地資源對于未來社會發展的重要性，無視自身破壞土地資源的行為，這不僅會給污染治理工作帶來巨大的工作難度，同時也會造成土地資源的浪費。
2.給生態環境造成嚴重負載
當前社會經濟領域的中小企業涉及到的生產類型眾多，可能對自然環境造成水體污染、空氣污染、固體廢棄物污染等諸多問題，對生態環境造成巨大負載。針對中小企業進行污染治理，往往存在表面迎合檢查、私自偷排偷放的困境[1]。
3.中小企業污染治理存在較大難度
中小企業普遍存在建設和生產資金短缺的問題，因而也會忽視污染減排設施建設的問題。環保部門針對中小企業進行污染治理，往往會因為環保意識不足、減排設施的建設或者改造也會存在資金匱乏的窘境，因而對污染治理工作造成巨大困擾。